L'agglomération de Baigneux-les-Juifs est située dans le département Côte-d'Or.
Les municipalités limitrophes sont les suivantes : Jours-lès-Baigneux, Orret, Étormay, Ampilly-les-Bordes, La Villeneuve-les-Convers, Poiseul-la-Ville-et-Laperrière, Duesme, Quemigny-sur-Seine.
1 infirmier et infirmière à domicile travaille à Baigneux-les-Juifs.