L'agglomération de Gilly-lès-Cîteaux est située dans le département Côte-d'Or.
Les communes limitrophes sont les suivantes : Vougeot, Épernay-sous-Gevrey, Saint-Bernard, Morey-Saint-Denis, Chambolle-Musigny, Broindon, Flagey-Echézeaux, Saint-Philibert.
4 infirmiers et infirmières à domicile pratiquent à Gilly-lès-Cîteaux.