La municipalité de Saint-Germer-de-Fly se situe dans le département Oise.
Les agglomérations à proximité sont les suivantes : Saint-Pierre-es-Champs, Puiseux-en-Bray, Le Coudray-Saint-Germer, Senantes, Cuigy-en-Bray, Villers-sur-Auchy, Ferrières-en-Bray, Gournay-en-Bray.
2 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Saint-Germer-de-Fly.