La municipalité de Zillisheim se situe dans le département Haut-Rhin.
Les communes à proximité sont les suivantes : Frœningen, Steinbrunn-le-Bas, Steinbrunn-le-Haut, Brunstatt-Didenheim, Hochstatt, Illfurth, Luemschwiller, Flaxlanden.
7 infirmiers et infirmières à domicile pratiquent à Zillisheim.