La ville de Flagy est située dans le département Haute-Saône.
Les agglomérations à proximité sont les suivantes : Villeparois, Vellefrie, Auxon, Varogne, Neurey-en-Vaux, Breurey-lès-Faverney, Colombier, Le Val-Saint-Éloi.
1 infirmier et infirmière à domicile pratique à Flagy.