La municipalité de Auxonne se situe dans le département Côte-d'Or.
Les agglomérations alentours sont les suivantes : Athée, Billey, Flammerans, Labergement-lès-Auxonne, Les Maillys, Poncey-lès-Athée, Tillenay, Villers-les-Pots, Villers-Rotin, Biarne, Chevigny, Peintre, Rainans.
33 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Auxonne.