L'agglomération de Gilly-lès-Cîteaux est située dans le département Côte-d'Or.
Les communes limitrophes sont les suivantes : Morey-Saint-Denis, Vougeot, Chambolle-Musigny, Flagey-Echézeaux, Saint-Philibert, Saint-Bernard, Broindon, Épernay-sous-Gevrey.
6 infirmiers et infirmières à domicile pratiquent à Gilly-lès-Cîteaux.
