L'agglomération de Saint-Nicolas-lès-Cîteaux se situe dans le département Côte-d'Or.
Les villes alentours sont les suivantes : Aubigny-en-Plaine, Charrey-sur-Saône, Épernay-sous-Gevrey, Magny-lès-Aubigny, Villebichot, Boncourt-le-Bois, Bonnencontre, Corcelles-lès-Cîteaux, Gerland, Bessey-lès-Cîteaux, Izeure, Broin, Savouges.
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