La municipalité de Saint-Jean-le-Comtal est située dans le département Gers.
Les agglomérations alentours sont les suivantes : Barran, Miramont-d'Astarac, Durban, Lasséran, Lasseube-Propre, Lamazère, Labéjan, L'Isle-de-Noé.
2 infirmiers et infirmières à domicile pratiquent à Saint-Jean-le-Comtal.