La municipalité de Pfaffenheim se situe dans le département Haut-Rhin.
Les municipalités alentours sont les suivantes : Osenbach, Hattstatt, Rouffach, Soultzbach-les-Bains, Gueberschwihr, Westhalten, Soultzmatt.
1 infirmier et infirmière à domicile travaille à Pfaffenheim.