L'agglomération de Courgenay se situe dans le département Yonne.
Les agglomérations limitrophes sont les suivantes : Bourdenay, Bagneaux, Molinons, Saint-Maurice-aux-Riches-Hommes, Villeneuve-l'Archevêque, Bercenay-le-Hayer, Planty, Pouy-sur-Vannes, Lailly.
2 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Courgenay.