L'agglomération de Colombier-Fontaine se situe dans le département Doubs.
Les municipalités limitrophes sont les suivantes : Étouvans, Écot, Villars-sous-Écot, Lougres, Saint-Maurice-Colombier, Longevelle-sur-Doubs.
7 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Colombier-Fontaine.