L'agglomération de Colombier-Fontaine se situe dans le département Doubs.
Les municipalités limitrophes sont les suivantes : Écot, Étouvans, Longevelle-sur-Doubs, Lougres, Saint-Maurice-Colombier, Villars-sous-Écot.
6 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Colombier-Fontaine.