La commune de Pierrefontaine-les-Varans est située dans le département Doubs.
Les municipalités limitrophes sont les suivantes : Belleherbe, Bretonvillers, Chamesey, Laviron, Plaimbois-Vennes, La Sommette, Domprel, Germéfontaine.
7 infirmiers et infirmières à domicile exercent à Pierrefontaine-les-Varans.
