La commune de Cloyes-les-Trois-Rivières se situe dans le département Eure-et-Loir.
Les municipalités alentours sont les suivantes : Commune nouvelle d'Arrou, Saint-Denis-les-Ponts, La Chapelle-du-Noyer, Thiville, Ouzouer-le-Doyen, Ruan-sur-Egvonne, Saint-Jean-Froidmentel, Villemaury, Beauce la Romaine, Brévainville, Villebout.
14 infirmiers et infirmières à domicile pratiquent à Cloyes-les-Trois-Rivières.