La municipalité de Villiers-sur-Yonne est située dans le département Nièvre.
Les municipalités limitrophes sont les suivantes : Amazy, Asnois, Brèves, Chevroches, Clamecy, Dornecy, Ouagne, Rix, Saint-Germain-des-Bois.
1 infirmier et infirmière à domicile exerce à Villiers-sur-Yonne.