La municipalité de Pfaffenheim se situe dans le département Haut-Rhin.
Les municipalités alentours sont les suivantes : Hattstatt, Soultzbach-les-Bains, Rouffach, Gueberschwihr, Osenbach, Soultzmatt, Westhalten.
2 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Pfaffenheim.