La municipalité de Pfaffenheim se situe dans le département Haut-Rhin.
Les municipalités alentours sont les suivantes : Westhalten, Rouffach, Osenbach, Soultzmatt, Soultzbach-les-Bains, Gueberschwihr, Hattstatt.
2 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Pfaffenheim.