L'agglomération de Courgenay se situe dans le département Yonne.
Les agglomérations limitrophes sont les suivantes : Saint-Maurice-aux-Riches-Hommes, Lailly, Molinons, Villeneuve-l'Archevêque, Bagneaux, Bourdenay, Bercenay-le-Hayer, Pouy-sur-Vannes, Planty.
2 infirmiers et infirmières à domicile travaillent à Courgenay.